Penting diketahui bahwasanya PTN-BH adalah tingkatan tertinggi sebuah perguruan tinggi, karena PTN-BH memiliki otonomi penuh dalam mengelola keuangan dan sumber daya.
Bahkan termasuk dosen dan tenaga kependidikan, Perguruan Tinggi Negeri dengan jenis tersebut beroperasi mirip dengan perusahaan perusahaan milik negara atau BUMN.
Sedangkan PTN-BLU merupakan institusi dengan level kedua dalam hal otonomi, pengelolaan institusi ini juga mirip dengan rumah sakit milik negara.
Yang dimana PTN-BLU ini seluruh penerimaan non pajak akan dikelola secara otonomi dan dilakukan pelaporan ke negara.***